両者ともベンチマークする指数に連動した成果を目指します。どちらも同じ指数に連動するため、似ていますが、若干の違いがあります。
（違い・信託報酬）
一般的にはＥＴＦの方が安いです。
ＴＯＰＩＸ・ＥＴＦは0.1％程度で、ＴＯＰＩＸ連動のインデックスファンドは0.4～0.6％前後（商品によりけり）。
（違い・取引手数料）
ＥＴＦは通常の個別銘柄のように、取引手数料を払い購入する。（手数料は証券会社によって違います）
インデックスファンドは証券会社と商品名によってけっこう違います。ノーロードの物も多いです。
（違い・値付け）
ＥＴＦは個別株のようにリアルタイムで株価が変動する
インデックスファンドは一日に一回、基準価格が変動する（売買のタイミングは1日１回程度）
（違い・最低金額）
ＥＴＦは商品によっては、最低単位が数万円以上の物があります
インデックスファンドは一万円から買い付けできるものが多いです
（トータルで見ると）
ＥＴＦの方が信託報酬（保有コスト）が安く、長期運用では有利。
インデックスファンドは1万円から買い付けができ、毎月の積み立て購入には利用しやすい
私は、ＥＴＦとインデックスファンドの両方がある指数の場合は、コストを重視してＥＴＦを購入しています。ただ、ＥＴＦがない指数も多いため、その場合にはインデックスファンドを利用してます。
（例）
ＴＯＰＩＸはＥＴＦ。J-REITもＥＴＦ。グローバルＲＥＩＴや世界債権はインデックスファンドなど。